Mikkel E.G. Nielsen er uddannet filmklipper fra Den Danske Filmskole i 2001 og fik sin debut som klipper på filmen Anja og Viktor. Sidenhen har Mikkel E.G. Nielsen klippet en lang række anerkendte danske såvel som internationale film såsom Jagten, Reconstruction, En kongelig affære, Under sandet og Kongekabale, og han anses for at være en af de mest talentfulde og eftertragtede filmklippere i verden. 

I 2021 vandt Mikkel E.G. Nielsen som den første dansker nogensinde en Oscar statuette for sit mageløse arbejde på filmen Sound Of Metal. For samme film modtog han også en BAFTA. I 2023 blev Mikkel E.G. endnu engang nomineret til en Oscar for klipningen af The Banshees of Inisherin.